Setiap kali akan berganti karakter, karakter berikutnya akan menunggu di area tertentu. Apabila kamu mendekatinya, maka kontrol akan berpindah ke karakter yang kamu dekati tadi, tetapi kamu tidak bisa berganti karakter lagi hingga tugas karakter yang baru ini berhasil kamu selesaikan. Setelah berhasil kamu selesaikan, baru kamu bisa berganti karakter lagi. Jadi, dalam game ini walaupun terdapat banyak karakter dan kamu bisa membawa tiga karakter sekaligus, ternyata kamu tidak bisa berganti-ganti karakter seenaknya. Dan tentu saja, dalam setiap stage kamu akan mengendalikan karakter lebih dari satu.
Setiap kali berhasil menyelesaikan suatu stage, maka kamu akan kembali ke kota utama, yaitu Soleanna City. Apabila kamu membawa dua atau tiga karakter, maka kedua karakter lainnya akan mengikuti di belakangmu. Di dalam kota, biasanya kamu hanya mengendalikan karakter utama saja (Sonic, Shadow, atau Silver).
Apabila kamu berhasil menyelesaikan suatu stage, maka akan ditampilkan hasil akhir dari stage itu. Selain menampilkan score dan jumlah ring, juga akan ditampilkan rank yang kamu dapat dalam stage tersebut. Rank paling tinggi adalah S dan yang paling rendah adalah E. Tentunya, semakin tinggi rank yang kamu dapatkan, semakin banyak pula bonus ring yang akan kamu terima. Rank yang akan kamu dapatkan dipengaruhi oleh waktu penyelesaian, jumlah ring, serta jumlah musuh yang kamu hancurkan.
Masing-masing stage masih didesain seperti yang sudah ada sebelumnya, terdapat pegas yang bisa melempar karaktermu jauh ke atas atau ke arah tertentu dengan cepat sekali, juga ada rel yang bisa kamu gunakan untuk berseluncur. Selain itu, kamu masih perlu menggunakan homing attack milik Sonic dan Shadow untuk melewati jurang atau jebakan tertentu. Kamu juga masih harus menggunakan kemampuan terbang karakter tertentu untuk mencapai area berikutnya. Yang jelas, banyak model puzzle yang sudah pernah kamu rasakan sebelumnya hadir kembali dalam sekuel ini.
Ketika kamu kembali ke kota Soleanna, maka kamu bisa melakukan banyak hal di sini. Yang pertama, kamu bisa berbicara dengan orang-orang yang ada di kota. Kebanyakan dari mereka hanya berbicara seenaknya, tetapi beberapa di antara mereka akan memberikan informasi penting yang bisa membantumu menemukan stage berikutnya. Selain informasi, orang-orang tertentu juga akan memberikan sebuah misi simple untuk kamu selesaikan, seperti menghancurkan semua musuh, atau mencapai area tertentu dalam batas waktu yang telah ditentukan. Semakin cepat kamu menyelesaikannya, maka bonus ring yang akan kamu dapatkan juga akan semakin banyak. Hal kedua yang bisa kamu lakukan dalam kota adalah menggunakan ring yang telah kamu kumpulkan tadi. Dengan ring yang cukup, kamu bisa membeli item-item baru yang tersedia. Misalnya, dengan membeli Light Shoes, maka Sonic bisa melakukan Light Dash untuk mengambil banyak sekali ring yang berjajar.
Pada saat mengendalikan karakter tertentu, kamu perlu mengetahui kemampuan-kemampuan yang mereka miliki. Misalnya, Tails dan Rouge yang hanya bisa melemparkan bom ke arah musuh. Atau Knuckles dan Rouge yang gaya terbangnya terus menurun ke bawah, tetapi mampu memanjat tembok atau tebing. Selain itu, masih ada Sonic dan Shadow yang mampu melakukan Homing Attack ketika sedang melakukan lompatan. Kemampuan-kemampuan ini perlu kamu kuasai untuk dapat menyelesaikan tiap-tiap stage yang ada.
Sedangkan ketika, mengendalikan Shadow, kamu juga akan menaiki beberapa kendaraan. Dan kendaraan-kendaraan ini tidak boleh menabrak atau tertimpa reruntuhan karena bisa merusak kendaraan itu sendiri. Beberapa benda bisa kamu tembak dengan roket, termasuk musuh-musuh yang berkeliaran.
Kebanyakan musuh yang akan kamu jumpai berupa robot-robot milik Dr. Eggman, atau makhluk-makhluk berapi yang tinggal di area lava. Selain itu, kamu masih akan menemukan sejumlah boss dalam stage-stage tertentu. Setiap karakter utama akan berhadapan dengan empat macam boss. Boss ini tidak lagi kamu temukan setiap kali menyelesaikan satu stage, melainkan akan kamu hadapi setelah menyelesaikan beberapa stage terlebih dahulu. Apalagi tiap stage terdiri dari dua atau tiga bagian, sehingga permaianan terasa panjang dan lama.
Permainan tentu saja masih bertempo cepat, terutama ketika mengendalikan Sonic dan Shadow. Ketika kamu mengendalikan Silver, ia bisa terbang tetapi tidak mampu berlari secepat kedua karakter utama lainnya.