Pertama kali bermain, kamu akan berada di sebuah area yang aman. Tidak ada musuh sama sekali di area ini. Bisa dibilang bahwa area ini merupakan tempat peristirahatan atau markasmu. karena setiap kali selesai melakukan misi, kamu akan kembali ke area ini. Dalam area ini, kamu bisa mengunjungi toko dan membeli item-item dan upgrade yang ada. Selain itu, kamu juga bisa melihat kembali musuh-musuh unik yang telah kamu kalahkan. Memilih misi yang ingin kamu jalankan juga harus dilakukan melalui area ini.
Kamu akan bermain dengan menggunakan enam Toa Mask. Masing-masing toa mask ini akan mengubah penampilan dan warna tubuh. Senjata juga ikut berubah. Terdapat enam Toa dengan kemampuan yang berbeda-beda. Yang pertama Red Toa, Jaller. Dia menggunakan Flame Sword untuk menembakkan semburan api ke arah musuh-musuhnya. Yang kedua adalah Blue Toa, Hahli. Ia menggunakan Hydro Blade untuk menembakkan laser berwarna biru secara terus-menerus. Berikutnya adalah Green Toa, Kongu, dengan sebuah Aero Slicer untuk menembakkan tiga laser hijau sekaligus. Juga ada White Toa, Matoro yang menggunakan sniper dengan sebutan Crystal Spike. Kemudia juga hadir Yellow Toa, Hewkii dengan membawa Proto Piton yang merupakan sejenis grenade launcher. Yang terakhir adalah Black Toa, Nuparu yang membawa Earthshock Drill, sebuah senjata yang cara kerjanya menyerupai mortar. Keenam Toa ini masih memiliki dua macam kemampuan berbeda-beda lainnya. Kemampuan pertama sudah dimiliki sejak pertama bermain. Seperti kekuatan telekinesis milik Hewkii dan kemampuan berjalan di atas air milik Hahli. Sedangkan kemampuan yang kedua hanya bisa digunakan setelah kamu mengupgrade kekuatan Toa tersebut hingga penuh.
Untuk memulai misi, kamu hanya perlu memasuki portalnya saja. Terdapat enam level dalam game, yang mana masing-masing level dikuasai oleh salah satu dari enam bos yang ada. Setiap level masih dibagi lagi menjadi lima stage. Stage pertama hingga keempat biasana memiliki objective yang berbeda. Ada stage yang menyuruhmu untuk mengalahkan mini-boss tertentu. Ada juga stage yang menyuruhmu untuk mendapatkan suatu obyek penting. Mini-boss yang ada merupakan anak buah dari keenam musuh utama. Cara mengalahkan mereka juga tidak mudah, karena mereka memiliki barrier yang hanya bisa ditembus dengan menggunakan strategi tertentu.
Dalam setiap level, terdapat sejumlah secret canister yang bisa kamu kumpulkan. Karena masing-masing level terdiri dari lima stage, jadi kamu bisa mengumpulkan banyak sekali canister ini. Terdapat dua macam canister, yaitu silver canister dan gold canister. Setiap stage memiliki 5 silver canister tersembunyi, serta 1 gold canister yang letaknya paling rahasia. Apabila kamu berhasil menemukan semua silver canister dalam satu stage, maka kamu akan mendapatkan hadiah. Sedangkan untk gold canister, kamu bisa memperoleh hadiah setelah menemukan semua gold canister dalam satu level. Biasanya, untuk dapat menemukan silver canister, hanya dibutuhkan kejelian pemain. Misalnya, menghancurkan tembok yang sudah retak, memanjat bukit yang tinggi dengan menggunakan Black Toa, atau pun menemukannya di antara semak-semak yang lebat. Berbeda dengan gold canister yang hanya bisa kamu dapatkan dengan cara menggunakan kemampuan khusus karakter tertentu. Dan kemampuan khusus ini harus kamu upgrade dulu hingga maksimum sebelum dapat digunakan.
Ketika sedang menjalankan suatu misi, tidak semua Toa sudah tersedia untuk kamu kendalikan. Misalnya, kamu memulai stage pertama dengan Blue Toa dan Green Toa saja. Sedangkan Toa yang lain bisa kamu dapatkan dengan cara menemukan topeng mereka yang tersebar di area tersebut. Selain itu, kamu juga akan melihat kehadiran sebuah health bar yang mana terdapat 5 buah hati di dalamnya. Kelima hati ini menunjukkan health karaktermu. Apabila karaktermu tertembak oleh musuh, maka hati akan berkurang setengah. Jadi, bisa dibilang bahwa healthmu berjumlah 10 saja. Health ini berlaku bagi semua Toa yang sudah kamu dapatkan.