The Great Agent is Back! 
Dalam sekuel kali ini, kamu harus menghadapi tantangan-tantangan baru. Tidak berbeda jauh dari sekuel sebelumnya, kamu harus mengendalikan Sam Fisher dan membawanya untuk melewati area-area luas yang dipenuhi oleh banyak sekali musuh yang berkeliaran.
Sekali lagi, kamu akan melakukan berbagai macam action untuk menyelesaikan suatu misi. Apa saja yang bisa kamu lakukan ketika mengendalikan Fisher? Untuk action dasar, kamu bisa berlari, jongkok, melompat, atau pun mengendap-endap. Pada saat-saat tertentu, akan muncul pilihan-pilihan action unik. Misalnya, ketika kamu menemukan pintu terkunci, kamu bisa menggunakan optic cable untuk melihat keadaan di balik pintu ini dan pick lock untuk membuka kuncinya. Ketika menemukan brankas, kamu bisa membukanya dengan cara memutar-mutar kuncinya. Ketika memutar kunci brankas, akan tampil kunci bagian dalam brankas tersebut, dan tugasmu adalah memutar kunci hingga ketiga roda di dalamnya menghadap ke atas. Roda ketiga harus menjadi yang pertama untuk menghadap ke atas. Setelah roda ketiga selesai, kamu harus segera memutar kunci ke arah yang berlawanan untuk menghentikan putaran roda ketiga tadi dan menepatkan posisi roda kedua. Begitu seterusnya hingga roda pertama dan kedua juga tepat menghadap ke atas.
Selain berhubungan dengan kunci, Fisher juga bisa melakukan berbagai macam aksi keren lainnya. Ketika menemukan tangga vertikal, kamu bisa menaikinya. Ketika berhadapan dengan tiang kayu yang menempel pada tembok, kamu bisa memanjat tiang tersebut hingga mencapai tepian tembok. Apabila menemukan tiang horisontal di atap, kamu bisa melompat dan bergelantungan pada tiang itu, kemudian bergerak maju atau mundur pada sepanjang tiang. Pada saat itu, kamu juga bisa menaikkan kaki ke atas tiang. Memang kecepatan bergerak menjadi lebih lambat, tetapi dengan begitu kamu bisa menghindari jebakan sinar laser atau pun melewati celah-celah kecil. Ketika sedang bergelantungan pada tiang ini, kamu juga bisa mengeluarkan senjata dan menembaki musuh dari atas.
Ketika berada di tepi bangunan yang tinggi, kamu bisa bergelantungan pada tepi tersebut dan bergerak ke kanan atau ke kiri. Selain itu, kamu juga bisa memanjat pagar yang pendek atau tumpukan kotak-kotak kayu. Fisher juga mampu merangkak dan bergerak melalui lorong ventilasi yang sempit. Selain itu, kamu juga bisa mengikatkan tali pada obyek tertentu, kemudian menjadikannya alat bantu untuk bergerak turun ke bawah.
Selain beraksi seperti itu, kamu juga bisa melakukan hacking terhadap komputer dan laptop milik orang lain. Tentunya, kamu harus menunggu hingga pemiliknya pergi menjauh dari komputer atau laptop tadi. Jika kamu menggunakan laptop yang mana pemiliknya juga sedang berada di dekatnya, maka dia bisa saja menembakmu hingga mati, atau bahkan misimu akan segera berakhir dengan kegagalan. Ini jelas akan melatih kesabaranmu.
Misi-misi yang disediakan sangat beragam. Mulai dari infiltrasi, hacking, hingga membunuh target tertentu. Jika suatu misi berasal dari JBA dan merupakan misi yang sangat penting dalam level tersebut, maka ada kemungkinan kamu akan mendapatkan objective untuk tidak terlihat oleh anggota JBA sendiri. Apalagi jika kamu membunuh salah satu anggota JBA tersebut, maka misimu gagal. Jadi, ketika sedang melaksanakan suatu misi, kamu harus ekstra hati-hati. Dalam satu level, kamu bisa saja menyelesaikan semua misi yang diberikan, baik itu dari NSA maupun dari JBA. Keberhasilan tersebut bergantung pada kesabaran dan ketangkasan pemain.
Sama seperti sekuel-sekuel pendahulunya, kamu masih diharuskan untuk sering-sering bersembunyi di area-area yang gelap sehingga orang lain tidak bisa melihatmu. Berada di balik obyek yang cukup besar juga bisa menghalangi pandangan orang lain. Jika kamu sedang berada di dalam ruangan yang terang, kamu bisa menekan switch untuk mematikan lampu. Tetapi, orang yang juga berada di ruangan tersebut akan segera menyalakannya kembali. Untuk lebih amannya, kamu bisa bersembunyi di dalam lemari, ataupun di bawah meja. Selain itu, kamu juga bisa menggunakan Sonic Emitter untuk menghasilkan suara keras ke arah tertentu sehingga musuh akan teralihkan perhatiannya ke arah tersebut. Berbeda jika kamu bersiul di dekat musuh, perhatiannya akan teralih ke arahmu dan dia akan mulai bergerak ke tempat di mana kamu bersiul sebelumnya.