Main quest menyangkut empat macam misi yang berbeda-beda targetnya. Misi-misi utama ini bertujuan untuk mendapatkan informasi-informasi penting dalam upaya menghabisi boss musuh. Menemukan semua informasi yang ada di kota berarti membuat pemain mengerti situasi yang sedang berlangsung di sekitar target, serta mengetahui jalan masuk teraman sekaligus strategi terbaik untuk membunuhnya.
Misi-misi ini terdiri dari pickpocket, informant, eavesdropping, dan interrogation. pickpocket merupakan misi untuk mencuri benda-benda seperti surat maupun peta dari NPC. Mencuri tidak bisa kamu lakukan di tempat sepi. Kamu harus memanfaatkan kerumunan civilian sehingga kemungkinan untuk berhasil menjadi lebih tinggi karena target tidak akan merasa bahwa dia sedang diikuti. Berikutnya adalah informant, yaitu NPC yang akan memberikan misi baru untuk Altair, dan biasanya misi ini berupa membunuh penjaga-penjaga yang dekat dengan target utama, dan harus dilakukan tanpa diketahui oleh penjaga lain. Yang ketiga adalah eavesdropping, yaitu menguping pembicaraan orang lain dengan cara duduk di bangku terdekat dan menggunakan eagle vision ke arah mereka. Yang terakhir adalah interrogation yang seringkali dilakukan pada orang-orang yang banyak berpidato di depan umum. Interrogation bisa dimulai dengan cara mengikuti target hingga berada di tempat sepi kemudian mulai memukulinya dengan tangan kosong hingga ia menyerah dan bersedia berbicara. Keempat misi ini masing-masing akan memberikan informasi penting dalam menemukan strategi terbaik membunuh target utama.
Berbeda dengan main quest, subquest merupakan misi tambahan yang sama untuk setiap kota, yaitu scan view point dan save civilian. Akan ada beberapa civilian dari tiap district yang sedang diganggu oleh para penjaga dan dituduh mencuri. Menyelamatkan mereka akan mempercepat synchronization level up, sekaligus memunculkan refugee maupun scholar. Refugee merupakan orang-orang yang melarikan diri dari penjara dan akan membantu Altair kabur dari kejaran musuh. Caranya adalah dengan menarik tangan para penjaga yang sedang mengejarmu dan kebetulan lewat di dekat mereka. Scholar dapat kamu gunakan untuk melakukan blend di tengah-tengah mereka, sehingga kamu bisa melewati penjaga dengan sangat mudah. Scan view point cukup penting dalam game, yaitu untuk membuka peta dan menemukan lokasi tempat main quest lainn berada. Walaupun tidak wajib, tetapi hal ini akan mempermudah pemain dalam mengumpulkan informasi yang dibutuhkan. View point biasanya terletak di atap bangunan maupun menara yang sangat tinggi. Kamu perlu memanjat tembok dari bangunan atau menara tersebut hingga mencapai bagian paling atas, yang biasanya ditandai dengan adanya seekor elang yang mengelilingi bangunan tersebut. Mencapai bagian paling atas, kamu bisa menggunaka eagle vision untuk melakukan scanning. Berikutnya, untuk turun dari bangunan tinggi ini dengan cepat, bisa kamu lakukan lompatan bebas yang terlihat keren tetapi cukup berbahya.
Aksi paling keren yang ada dalam game ini adalah Leap of Faith yang akan sering kamu lakukan setelah melakukan scan view point. Dengan berdiri di tepi atap bangunan atau menara, kemudian mengarahkan pandangan para jerami yang ada di bawah bangunan, segeralah melompat dengan bebas untuk terjun ke jerami tersebut. Dengan melakukan leap of faith ini, Altair akan langsung turun ke bawah dengan cepat tanpa teluka sedikit pun, asalkan jatuhnya tepat ke dalam tumpukan jerami, yang mana dilakukan secara otomatis asalkan arah lompatanmu benar. Apabila arah lompatanmu sangat tidak sesuai dengan posisi jerami, maka dijamin Altair pasti mati ketika tubuhnya mencapai dan menghantam tanah.