Karena dalam game ini diceritakan tentang investigasi DNA Desmond tentang ancestornya, maka pilihan chapter ditampilkan dengan model DNA berputar. Masing-masing Main Quest dan Subquest diwakili oleh sebatang DNA yang terpisah satu sama lain. Apabila salah satu quest telah berhasil kamu selesaikan, maka DNA tersebut akan menjadi berwarna. Dengan begini, kamu bisa dengan mudah mengetahui masih tersisa berapa quest lagi yang belum terselesaikan dalam suatu chapter.
Melalui Animus ini pula kamu bisa melacak additional memory yang telah kamu kumpulkan. Additional memory ini merupakan quest tambahan yang tidak wajib kamu selesaikan. Terdapat banyak additional memory yang bisa kamu kumpulkan di sepanjang permainan, antara lain scanning view points, killing templars dan collecting flags. View point merupakan lokasi tinggi yang bisa discan untuk membuka peta disekitarnya. Sedangkan bendera (flag) bisa kamu kumpulkan dengan cara mengambilnya secara langsung. Terdapat banyak sekali bendera yang tersebar di seluruh peta. Bendera ini masih dibagi-bagi lagi menjadi Saracens Flag, Templar Flags, Jerusalem Cross, dan lain-lain. Masing-masing jenis bendera hanya akan kamu temukan di satu kota saja. Sebagai contoh, Jerusalem Cross hanya bisa kamu temukan di kota Jerusalem saja. Karena masing-masing jenis bendera tidak hanya satu buah saja, melainkan berkisar antara 30 sampai 100 buah, maka kamu perlu mengelilingi kota Jerusalem untuk menemukan 100 Jerusalem Cross.
Yang ketiga adalah misi tambahan untuk membunuh para templar yang ada. Templar biasanya beristirahat di tempat-tempat tertentu, mulai dari daerah Kingdom, hingga di dalam kota-kota lainnya, kecuali kota Masyaf. Templar akan langsung menyerang karaktermu walauun kamu sedang menggunakan blend sekalipun. Jadi, kamu tidak bisa mengelabuhi templar seperti kamu mengelabuhi penjaga pada umumnya. Templar juga bisa langsung kamu assassinate dari belakang. Terdapat 60 templar yang perlu kamu bunuh untuk menyelesaikan subquest yang satu ini.
Various Actions
Aksi-aksi yang bisa kamu lakukan, baik dalam penjelajahan maupun dalam pertarungan sangatlah bervariasi. Ketika sedang menjelajahi suatu daerah, kamu bisa berlari, memanjat tembok, menaiki tangga, berlari vertikal di tembok, melompati bebatuan, berayun pada kayu horisontal, dan lain-lain. Aksi-aksi seperti ini akan sering sekali kamu lakukan dalam menjelajahi kota-kota yang ada guna menyelesaikan quest dan subquest yang ada.
Dalam bertarung, kamu bisa melakukan grab and throw. Setelah mencengkeram musuh, kamu hanya perlu mengarahkan Left Stick ke arah tertentu untuk melempar musuh tersebut. Musuh yang kamu lempar akan terjatuh kemudian bangun kembali. Apabila melempar musuh ke arah obyek seperti tembok yang cukup tinggi, maka musuh tadi tidak akan terjatuh, melainkan tubuhnya menabrak tembok tersebut. Teknik yang sama juga bisa digunakan oleh musuh-musuhmu untuk melempar Altair. Apabila musuh sedang mencengkerammu, kamu bisa membatalkannya dan melakukan serangan balasan, tetapi hal ini membutuhkan timing yang tepat.
Menggunakan pedang untuk bertarung, kamu bisa memanfaatkan counter-attack skill untuk membunuh musuh dengan mudah. Menebas musuh secara manual bisa menggunakan fast attack ataupun strong attack. Dengan kehadiran counter-attack, dikelilingi beberapa orang musuh sekaligus tetap tidak menjadi masalah. Musuh yang terjatuh bisa kamu habisi langsung dengan menggunakan hidden blade. Selain itu, juga ada throwing knife untuk kamu lemparkan ke arah musuh, membunuh mereka dalam sekejap. Mengingat pisau kecil ini sangat berguna, maka jumlahnya pun juga terbatas. Apabila kamu kehabisan pisau, maka kamu bisa melakukan pickpocket pada salah satu thug yang berkeliling di kota.
Ketika sedang melintasi area The Kingdom, yaitu area yang menghubungkan keempat kota yang ada dalam game, kamu bisa mengendarai seekor kuda untuk membuat perjalanan menjadi lebih singkat. Sedang menunggang kuda pun kamu tetap bisa menggunakan blend untuk melewati penjaga. Sprint berganti nama menjadi gallop yang akan membuat kuda berlari dengan sangat cepat, tetapi lebih sulit untuk dikendalikan, terutama ketika berbelok. Kuda dapat kamu perintahkan untuk mengangkat kedua kaki depannya untuk menendang musuh. Kuda yang berlari dengan kecepatan tinggi juga akan membuat musuh terjatuh apabila menabrak mereka. Tetapi menabarak terlalu banyak orang akan menyebabkan kuda itu terjatuh. Kuda akan sangat berguna dalam melarikan diri dari kejaran penjaga, mengingat kuda bisa berlari dengan cepat dan mampu melompati bebatuan dan pagar. Di atas kuda pun kamu tetap bisa mengeluarkan pedang favoritmu. Mencapai gerbang kota tertentu, biasanya kuda sudah tidak bisa lagi mengikutimu. Hal ini dikarenakan oleh jalan-jalan di kota yang agak sempit, serta dipenuhi oleh banyak sekali civilian.